بر اساس تازه‌ترين نتايج رتبه‌بندی دانشگاه‌ها و مؤسسات پژوهشی ايران، دانشگاه تهران در سال  (1390)، برای دومين سال متوالی رتبه اول دانشگاه‌های کشور را کسب کرده است. بر اساس رتبه‌بندی ISC «پايگاه استنادی علوم جهان اسلام»، دانشگاه تهران با صد امتياز رتبه اول و دانشگاه‌های صنعتی شريف، صنعتی اميرکبير، تربيت مدرس و دانشگاه علم و صنعت به ترتيب رتبه‌های دوم تا پنجم را کسب کرده‌اند.
در همين رابطه، به گفته دکتر جعفر مهراد، رئيس مرکز منطقه‌ای اطلاع رسانی علوم و فناوری در رتبه‌بندی دانشگاه‌ها از پنج معيار کلی پژوهشی، آموزشی، وجهه بين‌المللی، امکانات و فعاليت‌های اجتماعی - اقتصادی استفاده شده است.
بر اساس اين رتبه‌بندی، دانشگاه‌های شيراز، صنعتی اصفهان، فردوسی مشهد، شهيد بهشتی تهران و دانشگاه تبريز به ترتيب رتبه‌های ششم تا دهم را کسب کرده‌اند. در اين ميان دانشگاه خوارزمی (تربيت معلم تهران) که در سال 1389 رتبه 19 اين جدول بوده، سال گذشته به رتبه 26 تنزل کرده است.

همچنين بر اساس اين رتبه‌بندی، از 30 دانشگاه وابسته به وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی که در اين رتبه‌بندی شرکت کرده‌اند، «دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی تهران» با کسب 61/56 امتياز از 100 امتياز در رتبه اول قرار گرفته است. دانشگاه علوم پزشکی شيراز، دانشگاه پزشکی شهيد بهشتی تهران، دانشگاه پزشکی اصفهان، تبريز و مشهد به ترتيب در رتبه‌های دوم تا ششم قرار گرفته‌اند.
دکتر مهراد همچنين گفت که بخش اطلاعات مربوط به توليدات علمی دانشگاه‌ها فقط توسط کارشناسان و اعضای هيأت علمی پايگاه استنادی علوم جهان اسلام از پايگاه پژوهشی «تامسون رويترز» استخراج می‌شود و تعداد و کيفيت و ميزان تأثيرگذاری مقالات از نکات مهم اين رتبه‌بندی است. به گفته وی قرار بوده اين نتايج پيش از پايان سال 1390 منتشر شود اما به دليل تأخير در ارسال اطلاعات به پايگاه استنادی علوم جهان اسلام، اين کار با تأخير انجام شده است.
دسترسی به رتبه دانشگاه‏ها و مؤسسات پژوهشی و امتيازات کسب شده از طريق نشانی http://ur.isc.gov.irامکان‏پذير است.
بر اساس رتبه‌بندی دانشگاه‌های برتر جهان که توسط مؤسسه تايمز در اکتبر سال 2011 منتشر شد، برای اولين بار، دانشگاه صنعتی شريف در رتبه‌های بين 301 تا 350 دانشگاه‌های‌ برتر جهان قرار گرفت.